Het afdelingsbestuur is verantwoordelijk voor de formele organisatie van de Piratenpartij Amsterdam, faciliteert de leden die activiteiten willen opzetten, houdt zich bezig met de dagelijkse gang van zaken en bereid de Algemene Ledenvergadering voor. Het afdelingsbestuur bestaat uit:
Matthieu Benistant, voorzitter
Danny Werner, secretaris
Max Oosterbeek, penningmeester